47章
軌道エレベーター付近にて
カウンターズは、フォービーストのジズに乗って、軌道エレベーターに向かいます。狭いと文句言いながら、みんなは運ばれていきます。
そして、セシルとヨハンの提案で地上から近づくために、ジズは着陸します。
数日前エデンにて
エデンのヨハンとセシルに、指揮官たちはあいに来ました。フォービーストと、スノーホワイト、パピオンは、楽しくおしゃべりしています。そして、フォービーストのクイーンのオンリーワンが、コアの抜かれたマリアンのところに足繁く通っていると言います。戻ってきたオンリーワンは、笑顔で指揮官の元に走っていきます。
アニスは、初めて会ったオンリーワンが、ラピに似ていることに気づきます。するとラピは、嬉しそうに隠していた秘密を明かす時がきたと言います。みんなが、色々と発言して収集が着かなそうなので、レヴィアタンがバハムートに説明をするようにお願いします。すると、バハムートは、ラピの体内に指揮官のXXを入れることで生まれたと、余計混乱するようなことを言ってしまいます。レヴィアタンは、諦めて、自分で淡々と事実を説明しました。アニスは、何もなかったかとラピに念を押しますが、ラピは、事実が前後しただけだと主張します。安心したアニスは、落ち着きを取り戻します。
オンリーワンに名前がないことを、アニスに指摘されますが、オンリーワンはまだ選んでないだけだと言います。そして、クイーンにコアを抜かれてベッドに横になっているだけのマリアンの元に行ってしまいます。
指揮官は、エデンにいたヨハン、セシル、スノーホワイト、フォービーストにアークの事情を説明しました。アークの問題はおおよそ片付いたこと、そしてそのために、アークの動力の寿命を縮めてしまったこと、クイーンがアークを直接殲滅するために化学兵器を使い始めたこと、第三次地上奪還作戦がドロシーの旗印の元に行われることになることを伝えました。次にエデンの状況をヨハンが指揮官に説明しました。ナユタが侵食されたこと、紅蓮とイサベルを模倣した新型ヘレティックの存在、ミラーと呼ばれる正体不明の存在、紅蓮の姉、薔花（そうか）の出現、捨てられたリバーレリオの頭、レッドシューズの存在、クイーンがダークマターを狙ってフォービーストを襲撃したこと、軌道エレベーター付近でダークマターを元に新しいラプチャーが生産されていることを伝えました。
ヨハンは、軌道エレベーターに行って宣戦布告して、可能であればナユタの改修と軌道エレベーターの破壊を行うことを提案します。レヴィアタンは、オンリーワンが入れば、クイーンを討てるがどうするのか？と指揮官に尋ね、指揮官は子供にそんなことをさせないと言います。レヴィアタンは、そのことに安心します。宣戦布告の作戦が合意され、フォービーストは、休むために退室しました。セシルは、ニケのボディの製造技術を提供してもらえたおかげで、ラプンツェル、紅蓮、ノアを復帰できるが時間がまだかかる、ニケの製造は２体ずつになると説明します。ヨハンは、ラプンツェル、紅蓮、ノアの順番で復帰させると、セシルに伝えました。ニケの復帰についてセシルは、問題と提案があるとヨハンに言います。
セシルは、レッドシューズをラプンツェルに装備させると言います。スノーホワイトは、その提案を受け入れました。
さらにセシルは、紅蓮の脳が機能維持のために、上手く動作しないため、ボディの製造が出来ない状態になっていると言います。量産型ボディを使用することもできるが、それでは、上手く行かない可能性が高いとも言います。一番のぞみがあるのが紅蓮と全く同一のボディをもつ薔花のボディを利用することだと言います。しかし、薔花のボディはブラックボックスも多くリスクも高い、そして、紅蓮を移植してしまうとボロボロだけどまだ生存している薔花を殺すことになると言います。そのような状況で、まだ、紅蓮の復帰をどうするかは、棚上げになってしまいます。指揮官は、出撃の前にマリアンに会いにいくと言います。
オンリーワンは、マリアンをダークマターで包みます。そして、ダークマターの中で、マリアンの意識と会っていました。その中で、オンリーワンは、マリアンにクイーンとは何をしたらいいのか？と尋ねます。マリアンは、オンリーワンに、人間、ラプチャー、ニケが平和に暮らせるような世界にしたかったと語りました。オンリーワンは、マリアンに欲張りだねと言いました。
その時、指揮官たちが入ってきました。オンリーワンは、指揮官にマリアンは、指揮官にとって大事な人なのか？会いたいか？と尋ねます。指揮官は、大切な人だと答えます。オンリーワンは、考えると答えました。
軌道エレベーター付近にて
指揮官たちは、軌道エレベーターに向かって移動しようとします。強力なジャミングで、エデンとの通信が途切れてしまいます。レヴィアタンは、周囲のダークマターを制御しようとしますが、クイーンに制御されていて、操作できないと言います。その時、軌道エレベーターから、アニヒレオがアークに向かって射出されました。
勝利の翼号にて
オーバーザホライズン部隊の、スカイ、シエロ、ソラは、イングリッドにアニヒレオの撃墜を指示されます。
勝利の翼号（アークガーディアン計画の頃、伝説の指揮官のアンダーソンがゴッデス部隊の足としていた飛行船）の中で、ドロシーは、アンダーソンとの会合を回顧します。アンダーソンは、ドロシーにボロボロのアークの旗印になってくれと依頼します。そして、勝利の翼号の中で考えることとしました。
そして、ドロシーは、まんまとアニヒレオの撃墜に付き合わされてしまいます。ドロシーは、シエロにプラムティーの準備をお願いします。そして、勝利の翼号（ブンブン号）デッキにたってアニヒレオの撃墜に向かいます。そして、アニヒレオを撃墜します。アンダーソンは、今のシーンはアーク内に中継されていた、大盛り上がりだと言います。ドロシーは、その様子に呆れて、第三次地上奪還作戦の旗印になることを了承しました。
アーク内にて
その様子をみたバーニンガムは、静かに歓喜します。エニックとアンダーソン、バーニンガムは、これからの作戦について会議します。アークが地下から浮上して地上に上がること、エレベーターを破棄すること、アウターリムの住人は、E.H.がなんとかすることなどが確認されました。また、ドロシーが旗印になることが確認されました。アークの浮上に合わせてクイーンとの大規模な戦闘になると予想されるとエニックは言います。しかし、その後のアークの動きがどうなるかは、未知数だと言います。
48章
軌道エレベーター付近にて
軌道エレベーター付近には、あまり敵がいません。しかし、軌道エレベーターに向かって周いのダークマターが集まっていることから、集まっている場所に向かって、スノーホワイトが狙撃することにしました。すると、軌道エレベーターに穴が開きますが、ダークマターが集まってすぐに穴を塞いでしまいます。そして、そこから、大量のラプチャーが飛び出してきました。ラプチャーの大群の半分はアークに向かっているようです。すぐに、アークに移動しようとジズに乗り込みますが、エゴビスタに邪魔をされてしまいます。そしてエゴビスタに攻撃しようとした時、アルトルイアに攻撃が阻止されてしまいます。さらに、指揮官たちが攻撃を加えようとした時、空を覆うほど巨大な物体がやってきました。頭を取られたリバーレリオの巨大化した姿です。
エデンにて
セシルとパピオンは、ニケの製造装置を起動して、ラプンツェルを復活させることにしました。パピオンは、ニケの製造現場を見ると思考転換しそうだからと退室しました。
ラプンツェルの意識内
ラプンツェルの意識の中に、レッドシューズが現れます。武装の中に、自分の自我のデータを入れておいたと言います。そして、レッドシューズの意識のデータは、侵食する能力があるため、ラプンツェルの体を乗っ取るとレッドシューズは言います。レッドシューズは、ラプンツェルの体を使って、ヘレティックになると言います。そして、ラプンツェルは、ラプチャーの侵食能力を進化させたのが、レッドシューズであることに気づきます。レッドシューズは、侵食の能力を進化させたのは、自分がクイーンの仲間になるためだと言います。そうすれば、真の調和が成されると。
そして、ラプンツェルは、レッドシューズが手を加えたということで、完璧に侵食の解析ができそうだと言います。どうやら、ラプンツェルの意識には、たくさんの姉妹がいて、今レッドシューズと対峙しているのは、永遠の眠りに疲れた別のNIMPHだと言います。侵食は、大量の侵食データに個人のNIMPHが食われるためだと、ラプンツェルは言います。ラプンツェルの内部には、亡くなった１万２千人分のNIMPHが内蔵されているため、侵食できないと言い、ラプンツェルは、レッドシューズを消しました。
エデンにて
セシルは、ラプンツェルのニケボディの製造をモニターしています。すると、その時、背後に薔花が立っていました。そして、薔花は、自分の刀で自分の頭部を突き刺しました。
紅蓮の意識内にて
紅蓮は、薔花と対峙しました。すると、同じ部隊の仲間が現れます。薔花は、そいつらを切らないと、紅蓮が侵食されてしまう。だから一緒に倒してくれと言います。紅蓮は、薔花と一緒に部隊の仲間を倒しました。最後に、薔花は、紅蓮を抱きしめます。
薔花は、もう行くねと言い、消えてしまいました。そして、紅蓮は目をさましました。
エデンにて
オンリーワンは、ダークマターの中で、マリアンと一緒に、フォービーストたちの戦いを見守ります。そして、みんながリバーレリオに倒されそうになっているのを見て、あっちに行って、クイーン因子を奪って、自分がクイーンになると、マリアンに言います。マリアンは、クイーンになって何をするのか？と問います。オンリーワンは、みんなと一緒に暮らせる世界を作ると答えます。そして、オンリーワンは、クイーンは、７人の調律者とともに、世界を作らないといけないと言います。遊んだりすることが出来なくなるが、今のクイーンは全てを破壊し尽くしてしまうから、行かないといけないと言います。マリアンは、オンリーワンを強く抱きしめました。そして、マリアンは、昔の思い出を思い出します。モダニアとして、指揮官と対峙したこと、マリアンとして、指揮官に撃たれたこと、そして人間だった頃、指揮官とあっていたことを思い出します。なんと、指揮官の思い出に出てきた謎の少女は、人間だった頃のマリアンでした。マリアンは、オンリーワンにクイーン因子を譲ってくれと言います。オンリーワンは、弱いから勝てないよと言いますが、マリアンは、自分は勝利の女神だから必ず勝つと、オンリーワンに答えました。
軌道エレベーター付近にて
リバーレリオに押されているフォービーストは、巨大化することにしました。そして、リバーレリオを撃墜することに成功します。エゴビスタと、アルイトルイアと戦闘を始める直前に、レッドシューズを装備したラプンツェルと、薔花のボディを移植された紅蓮が現れます。
ラプンツェルは、アルトルイアのバリアを破り超振動でナノマシンを破壊できる杖でアルトルイアの頭を叩きました。
紅蓮は、エゴビスタを剣技で圧倒して、切り伏せます。その時、クイーンのシグナルがなって、アルトルイアとエゴビスタは、撤退しました。
エデンにて
マリアンは、指揮官たちがヘレティックたちを退けたことを、オンリーワンに彼らは絶対に負けないと宣言します。オンリーワンは、自分はクイーンになりたくないといい、マリアンはそれを受け入れます。そして、オンリーワンは、クイーンのコアをマリアンに渡しました。
アーク付近 勝利の翼号の内部にて
ドロシーは、勝利の翼号のデッキに立って、アニヒレオを撃墜しました。すると内部から、無数の赤い目のナユタが現れました。そして、針をドロシーに刺しました。
ドロシーは、ナユタを全て撃退しました。しかし、自分が侵食されていることがわかり、自分を撃とうとします。アンダーソンは、ドロシーにとにかくここから離れろ、必ず迎えに行って、元に戻してやると伝えました。ドロシーは、デッキから飛び出して、その場を去りました。
アンダーソンは、怒りに任せてあたりを散らかしました。そして、生命維持装置を外しました。
軌道エレベーター付近にて
ダークマターが蠢いて、軌道エレベーターが勝利の女神像になりました。そして、勝利の女神像は、アークに向かって移動を始めました。
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